لا تقتصر الحوكمة في جامعة العلوم التطبيقية على مسائل الملكية والهيمنة على الجامعة، بل تشمل الهيكل التفصيلي والأدوار والمسؤوليات وآليات المسائلة التي تحكم كل ما يتم في إطار النشاط الجامعي المشروع. ويشمل ذلك، من بين أمور أخرى، الهيكل العمودي الذي يحدد الأدوار الرئيسية (الهيكل التنظيمي) الذي يضم المؤهلات اللازمة لتحقيق الأهداف الاستراتيجية لجامعة العلوم التطبيقية (الفاعلية)، والمنظمة الأفقية التي تمثل القدرات الثانوية للجامعة والتي يتم فيها تناول المشاريع الجامعية الفعلية.
مجلس الأمناء ومجلس الجامعة ولجنة إدارة الجامعة هي البنية الأساسية في هيكل حوكمة جامعة العلوم التطبيقية (برئاسة مجلس الأمناء).